Durch die aufwändige Stallmistrotte wird Nährhumus verschwendet. Eingearbeiteter Stallmist wird von importierten Mikrolebewesen aufgebraucht, ohne dass das Bodenleben davon zehrt, deshalb findet auch sein Einbau in das Bodengefüge trotz Lehm- oder Bentonit-Zugaben nicht vollständig statt. Allerdings erleichtert die Anwendung von Rottemist die Umstellungszeit bis zur Gesundung des Bodenlebens.
Liegt der Wert von Stallmist hauptsächlich in seinem bodenverbessernden Humusgehalt, so ist die Jauche als schnellwirkender NK-Dünger anzusprechen. Angewendete Mengen liegen zwischen 20 - 50 cbm/ha bei einem Nährstoffgehalt von durchschnittlich 0,2 % N und 0,5 % K. Ammoniakverluste an die Luft können durch schnelles Einbringen in den Boden, durch Verdünnen mit Wasser und während der Vergärung des Harnstoffes zu pflanzenverfügbaren Ammoniumsalzen durch C-Gaben in Form einer Schwimmdecke zur bakteriologischen Fixierung vermindert werden.
Bei der Flüssigmist-Lagerung und -Vergärung gibt es keine so hohen N-Verluste. Bis zu 3/4 der nötigen N-Zufuhr kann durch Gülle in mehreren Gaben bei einer Ausnutzung im 1. Jahr von 30 - 50 % bereit gestellt werden (Höchstgaben Rind 40 - 80, bzw. Schwein 30 - 45 cbm/ha/Jahr).
Die Stickstoff-Ausnutzung von Stallmist erfolgt langsamer (20 - 30 % im 1. Jahr). Verluste von bis zu 30 % erfolgen durch Sonne und Wind (Bindung durch Superphosphat).
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